典型的熒光顯微鏡技術，依靠在一個波長（激發）二次熒光在隨后的發射波長較長，熒光光吸收。

激發和發射光譜剖面最大值（峰）相互分離的可變帶寬，從幾十到幾百納米不等。

標簽內的組件，如細胞核，線粒體，細胞骨架和膜與特定的熒光，使內固定和生活的準備自己的定位。同時標注幾個亞細胞結構與個人熒光分離激發和發射光譜，專門熒光過濾器組合可受聘到鄰近分子標記在一個單細胞或組織切片檢查。使用這種技術，分子比光學分辨率極限緊密聯系起來，似乎是一致的（并說“共定位”）。

熒光顯微鏡這明顯的空間接近意味著分子協會是可能的。然而，在大多數情況下，正常的衍射極限的熒光顯微鏡的分辨率是不足以確定生物大分子之間的相互作用是否實際發生。

共振是無輻射能量轉移熒光團（供體）從激發態發生了第二個熒光（承兌人）在接近的過程。共振測量，因為可以發生能量轉移的范圍僅限于約10納米（100埃），轉換效率是極其敏感的熒光之間的間隔距離，可以是一個有價值的工具，用于探測分子間的相互作用。